随着工业化、城市化、化步伐的加快，水环境问题已成为制约我市经济社会又好又快发展的瓶颈因素。主要表现为：一是污染源排放量超过水体纳污能力。目前，我市排入水体的现状污染物量大于水体纳污能力，造成地表水水质总体情况不容乐观，主要原因是污水处理厂处理率低（仅为65.4％）和工业污染物排放量大。二是饮用水源地水质得不到缓解。夹江水源地是我市主要的水源地，目前直接排入夹江水源地的污染源自西南向东北就分布有：红旗泵站、黑桥泵站、下圩西泵站、下圩东泵站、解放闸泵站、龙窝泵站，这些排污泵站将河西地区的仍有部分未截入污水管网的污水排入夹江。随着江北开发的推进，浦口水源地的水环境保护工作任务也日趋艰巨。三是秦淮河缺乏统一治理。近年来秦淮河水质已经受到一定程度的污染，秦淮河上下游共同治污问题尚未统一协调。
为解决上述问题，有关专家建议：
一、控制污染物总量。以水环境功能区为单元，测算出每个水环境功能区的污染物削减量，对重点功能区，例如：南京的夹江水源地周边区域实行严格的总量控制措施，对于工业源，采取治理、整改甚至关停措施，对于生活源则要限期建设污水管网，将生活污水截走，对上游流域污水要采取综合治理措施，并从立法、执法等方面实行有效监管，将污染物控制落实到实处。
二、保障饮用水源地水质安全。充分考虑我市实际，科学合理制定水源地划分，分别制定饮用水源地环境保护对策；严格实行污染物总量控制，将排污总量指标分解到所有入河排污口；设置排水通道及引水通道，新辟秦淮河入江通道，由秦淮新河引水，经运粮河，向东十里长沟或九乡河排水，既可减轻排水水质对夹江水源地的影响，又可增加东十里长沟或九乡河的水资源补给量。
三、实施秦淮河统一治污。秦淮河上、中、下游的开发要在污染物总量控制下进行，严格禁止上游重污染化工企业的生产，为中游污水处理厂寻找合适的排水通道，在中、下游合适的地点建设湿地公园有效拦截上游进入南京主城区的污染物质。