水利部推进农业水价改革思路是：按促进节约用水、降低农民不合理水费支出、保障灌溉工程良性运行原则，推进农业水价综合改革，建立灌排工程运行管理费用财政补助机制。
具体措施将包括：一是在加快大中型灌区节水改造续建配套同时，推进末级渠系与骨干工程同步配套建设，有效解决因末级渠系不配套引起的农田灌溉“最后一公里”等问题，促进节约用水，减少因输水损失过大造成农民不合理的水费支出；二是进一步完善供水计量设施；三是对末级渠系和供水计量设施建设采取“民办公助”、“先建后补”的奖励机制，对农民用水协会启动资金、运行管理费用给予适当财政补助。